1、审计对象不同：一般审计的对象是会计期间的资产负债表及损益表等资料，清算审计的对象是清算资产负债表及清算损益表等资料。2、目的不同，一般审计的目的是对被审计单位会计期间的报表发表审计意见，清算审计的目的是对清算资产负债表、清算损益表等资料的合法性和公允性发表审计意见。
清算审计的委托人一般为人民法院或破产清算组。审计的期间破产企业经法院裁定破产并成立破产清算组接受该企业的资产负债起，至第一次债权人会议召开止，审计内容是审核破产企业通过破产审计后的会计科目结转，从行业会计科目转入破产清算会计科目的有关会计处理是否符合规定，金额是否正确。审计结果用于清算组对债权人报告资产变现及清偿债务的核算的实际情况。
一般审计在审计的范围、时间、手续和目的等方面均无特别要求，而均按照通行惯例办理的审计。例如，审计机关按照审计工作计划，定期或轮番地对被审计单位实施财政、财务审计，即属普通审计。普通审计在范围、时间、目的等方面都已形成普遍接受的原则和公认为正确的惯例，因而较易于为公众所接受和承认。
清算是指企业依照有关法律的规定解散、终止后，按照有关规定由上级部门组织清算委员会（或清算领导小组）对企业的财产、债权、债务进行最后清理、清算的过程。清算审计是指企业由于各种原因终止，对其清算期间的债权债务清偿情况，资产变现情况，清算期间的收益、损失，费用支出情况及清算截止日净资产分配情况进行的审计，以确认清算企业是否合法、公开、公正进行全部清算活动，对清算结果发表合法、公允的审计意见。
